Kalaja e Gjon Boçari është ndërtuar në një kodër dominuese midis fushës së Dukatit dhe fshatit Tragjas, duke kontrolluar bregdetin dhe rrugët që të çojnë drejt qafës së Llogarasë dhe Shën Gjergjit.
Kjo kështjellë ka formën e një katërkëndëshi kënddrejtë, me dy kulla poligonale në qoshen veriore dhe lindore, ndërsa hyrja e vetme, ndodhet në mesin e njërës nga brinjët e ngushta të katërkëndëshit. Kurtinat kanë një trashësi prej 1,80 m dhe po aq është edhe gjerësia e mureve të kullave.
Lartësia e mureve, deri në shtegun e rojes, arrin 4 m, ndërsa parapeti i ruajtur vetëm si gjurmë, kishte një gjerësi prej 0,54 m. Në shtegun e rojes të çonin nga dy palë shkallë të ndërtuara brenda trashësisë së mureve veriperëndimore dhe juglindore. Kullat janë krejtësisht të hapura nga ana e brendshme e fortifikimit, duke qenë kështu më tepër një vazhdim i mureve rrethuese.
Në burimet historike Gjon Boçari mendohet se shfaqet që në shek. XVII. Një regjistrim osman në fund të këtij shekulli, shënon në Sanxhakun e Vlorës një qytet me emrin Gjoniqestra, i cili kish edhe një lagje hebraike me 61 kryefamiljarë.
Ky vendbanim mendohet të jetë kalaja e Gjon Boçarit, pasi emri Gjoniqestra, mund të përkthehet kështjella e Gjonit, që i përgjigjet mjaft mirë kalasë së Gjon Boçarit. Fshati Gjonboçar përmendet në letrën që Himarjotët i dërguan careshës së Rusisë, Elisabeta Petrovna, më 1759.
Sot në veri të kështjellës ruhen rrënojat e banesave të këtij fshati dhe janë pjesë e zonës së mbrojtur të monumentit. Kështjella vizitohet për herë të parë nga arkeologu austriak Carl Patsch, në vitin 1904. Nga vëzhgimet e kryera prej tij në brendësi të kështjellës nuk u gjetën rrënoja objektesh, për këtë arsye ai mendon se garnizoni që qëndronte në këtë kala, ka ndenjur në çadra ose ndërtime druri të lehta.
Vëzhgime të tjera janë kryer nga arkeologu shqiptar Damjan Komata, i cili kështjellën dhe rrënojat e vendbanimit jashtë saj i daton rreth shek. XV. Nga vëzhgimet arkeologjike të viteve të fundit, në kodrën ku ndodhet fortifikimi janë gjetur gjurmë të një varreze antike. /atsh
